Oi Sergio,
Não necessáriamente, pois elas são variáveis que o seu sistema gerencia, elas estão disponível o tempo todo e não são editadas. Se você começar um outro projeto pode continuar usando as mesmas variáveis de ambiente, em independentes projetos, em qualquer linguagem de programação e em qualquer outro contexto fora da programação. A variável de ambiente fica lá estática, sendo guardada pelo sistema, podendo ser recuperada por qualquer programa que queira fazer uso dela.
Um exemplo que faria sentido ter mais de uma variável de ambiente seria quando você tem 2 bancos de dados instalados e em cada um você tem uma senha diferente, aí faria sentido criar variáveis diferentes, tipo MYSQL_PASSWORD e POSTGRE_PASSWORD. Mas se você usasse a mesma senha nos dois bancos, poderia usar apenas uma variável de ambiente com um nome mais genérico, como DB_PASSWORD.