VAR quantidadedeCarbono2

Olá Niedson, vou te explicar melhor como essa variável recebeu ela mesmo dentro do seu código.

<meta charset="UTF-8">
<script>

    function pulaLinha () {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra (frase) {
        document.write (frase);
        pulaLinha ();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2")); //Aqui eu recebi e coloquei o valor dentro da variável quantidadeCarbono2 

    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2; //Aqui seu código esta fazendo a variável quantidadeCarbono2 receber ela mesma e somar mais dois ao valor inserido pelo usuário.  EX: usuário digitou 1 para a "Quantidade de carbono substância 2", seu código pega esse valor soma com mais 2 resultando em no valor 3 para essa variável. 

    if (quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2 ) {
        mostra ("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {
        mostra ("São substâncias bem diferentes");
    }
</script>

Espero ter ajudado!!!

Ele esta atribuindo a variável quantidadeCarbono2 a soma de 2. Quando você declara uma variável para efetuar soma, como você faz o processo?

var x = a + b;

Acima o que ele esta fazendo? pegue o valor de a, some com b e atribua esse valor em x. A partir do momento que você faz isso, o valor de x muda, passa a ser a soma de a+b, ou seja, vc atualizou o valor que estava em x, mesmo que você tivesse dito uma linha a cima que o valor de x = 200, o valor que ia prevalecer era o de baixo, pq essa variável x não é uma variável constante, então ela pode atualizar o seu conteúdo a qualquer momento, basta você querer. Nesse trecho do código que você questionou ele faz o mesmo

quantidadeCarbono 2 = quantidadeCarbono2 + 2

Pegue o valor que está em quantidadeCarbono2, some 2 e atribua a variável quantidadeCarbono2, ou seja, ele atualizou o conteúdo dela.

Compreende? Espero ter ajudado.

Solução:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;

    if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2 ) { // O erro está aqui, para comparar o conteúdo de duas variáveis, é necessário utilizar " =="

        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {

        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

</script>

Entendi! Obrigado pessoal, vou marcar a resposta de algum de vocês apenas pra finalizar este tópico, obrigado!