Fugêncio, lembre-se: tudo o que está entre < script> ...... < /script>, faz parte do "Mundo do JavaScript". Ou seja, é preciso separar o que faz parte do JS e do HTML. Sendo assim, de forma bem resumida e direta, a tag < h1> é do HTML e a instrução alert do JavaScript.
Forma correta:
<meta charset="UTF-8">
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>