Valor do IMC está errado

Você tem que verificar como esta a estrutura da sua função, se vai retornar o resultado para uma variável ou se vai exibir diretamente através da função. No caso abaixo, o resultado da função é adicionado na variável para depois ser exibido com a função write:

function calculaImc(altura, peso) {

        return peso / (altura * altura);
}

var nome = prompt("Informe o seu nome");
var alturaInformada = prompt(nome + ", informe sua altura");
var pesoInformado = prompt(nome + ", informe seu peso");

var imc = calculaImc(alturaInformada, pesoInformado);

document.write(nome + ", o seu IMC é " + imc);

uma outra coisa que pode estar causando esse erro é uso do 'parseInt' que está convertendo o valor da altura para um numero inteiro e não flutuante. Verifique somente com o uso do 'prompt' ou utilize o 'parseFloat'