Oi Lucas,
A vantagem principal exatamente essa: agilizar.
Um time que não tem um front-end e um designer, um projeto interno ou que não tem uma identidade visual, o Bootstrap (e qualquer biblioteca de componentes estilo ele) é uma boa pedida.
Perfeito! Se você tem um tempo e conhecimento para fazer seu próprio stylesheet, pode ser melhor fazer na mão!
Agora novamente pensando em startups, projetos que precisam sair no outro dia, times que não possuem um UI designer, times que não possuem front-enders, o Bootstrap pode ajudar bastante!
Abcs!
edit:
Um outro exemplo: no site da Caelum não usamos o Bootstrap ou mesmo pré-processadores justamente por termos front-enders e designers aqui. (dá uma olhada depois nesse post)