Vou tentar esclarecer melhor minha dúvida, quem define o value do meu checkbox e a função javascript, como eu disse, a função está setando o valor corretamente, quando inspeciono o elemento posso ver o valor se alternando ao marcar e desmarcar a caixa, porém após eu enviar o formulário e dar um print_r no POST, nenhum valor é enviado pelo checkbox seja ele 1 ou 0.
OBS: Se eu acessar meu documento html e manualmente acrescentar value="1" o valor 1 será enviado quando a caixa estiver marcada mas se desmarcar nada é enviado, por isso implementei a função javascript citada.
Consigo contornar isso de outras formas, porém o que me intriga é o fato do valor estar sendo setado pelo JS mas não ser enviado via post.