Olá Silva,
Realmente o Hibernate tem muito mais funções que o JPA, isso ocorre pois como o JPA é uma especificação que deve ser seguida por todos, ela evolui mais lentamente, além de depender de diversas contribuições da comunidade.
Não sei te informar se o Session do Hibernate é mais performático, eu acredito que não, pois a única diferença entre ele é a assinatura, na teoria a implementação é a mesma.
O único ponto negativo de utilizar diretamente o hibernate é que você vai perder a flexibilidade de trocar de framework sem alterar sua aplicação, você também terá que importar as suas bibliotecas diretamente no seu pacote, pois os servidores Java EE só possuem as dependências do JPA.