Fiz um pouquinho diferente. Ao invés de usar if, pensei no resto da divisão por 3 sendo o que determinaria a minha posição no array. Aí olhei no google e descobri o operador %. É uma boa opção?
<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script>
var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');
pincel.fillStyle = 'grey';
pincel.fillRect(0,0,600,400);
function desenhaCirculo(evento) {
var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
var y = evento.pageY - tela.offsetTop;
pincel.fillStyle = cor;
pincel.beginPath();
pincel.arc(x,y,10,0,2*3.14);
pincel.fill();
console.log(x + ',' + y);
}
function mudaCor() {
contador++;
cor = cores[contador%3]
return false;
}
var cores = ['blue','red','green'];
var cor = 'blue'
var contador = 0;
tela.onclick = desenhaCirculo;
tela.oncontextmenu = mudaCor;
</script>