Oi Paulo,
Não vai ser prejudicado não, o WAMPP é um programa que instala pra você alguns programas famosos no mundo PHP:
Apache, que é o servidor Web.
MySQL, que é o banco de dados.
PHP, que é a linguagem de programação.
Apesar do WAMPP ser recomendado para ambientes de desenvolvimento somente, mesmo quando você for colocar o seu site no ar você vai acabar interagindo com esses mesmos caras (Apache, MySQL) talvez de uma maneira diferente, na linha de comando do linux, mas isso tanto faz! a ideia é a mesma.
Hoje em dia para desenvolver eu utilizo o Ubuntu Linux instalado no meu computador diretamente, instalo o Apache, o PHP e o MySQL "na mão" porque eu quero que o meu computador tenha o mesmo sistema do servidor que vai colocar o site no ar, mas eu também comecei com o WAMPP e depois quando eu senti que foi hora de trocar foi tranquilo pois as partes são as mesmas (Apache, PHP, MySQL).
Vai ter gente que vai falar pra você usar uma máquina virtual, docker, vagrant, e um milhão dessas coisas novas que na minha opinião só atrapalham quem tá tentando aprender a programar. Pode utilizar o WAMPP sem erro :)