Unity Mod Support

Isso é uma tarefa um tanto avançada de programação, assim de cara não sei todos os passos necessários mas com certeza vai envolver tanto a geração quanto o carregamento de assembly em tempo real.

Tu pode ler um pouco mais a respeito aqui:

• Generating DLL assembly dynamically at run time
• Best Practices for Assembly Loading

Conteúdo em portugues sobre isso vai ser difícil encontrar.

A melhor dica que posso dar é ir desenvolvendo seu jogo sem suporte a mods ainda, e mais tarde quando já tiver legal tu pode começar a pensar melhor sobre isso. Pois essa não é uma funcionalidade que precise ser pensada des de o começo*

Espero ter ajudado, e sucesso com seu projeto o/

*se tu seguiu a boas práticas de organização de projeto.