Ei Marcos, beleza?!
Cara, é difícil falar o que é melhor sem saber exatamente o que você quer fazer, tudo vai depender da sua necessidade no momento. Eu particularmente, evito usar o pixel porque acaba ficando mais trabalhoso na hora de mexer com design responsivo, além de ter alguns problemas relacionados a acessibilidade. A unidade EM é muito boa para se usar, desde que você saiba usá-la bem, uma vez que é muito fácil as coisas saírem do controle quando utilizada. Isso acontece porque ela é uma unidade que pode mudar, por exemplo, de acordo com o 'font-size' de um elemento pai, e isso vai se tornando um efeito cascata quando você começa a aninhar as tags e trabalhar com tamanhos de fontes diferentes. Como você está começando agora, aconselho que trabalhe com a unidade REM, pois ela não sofre com esse efeito cascata por estar atrelada ao root, ou seja, ao tamanho de fonte padrão do navegador (geralmente, 16px). Após se acostumar mais com o REM, comece a estudar mais sobre como utilizar o REM e o EM em conjunto, pois isso irá te ajudar muito a fazer menos modificações quando trabalhar com responsividade. Tentei ser o mais claro possível e espero ter ajudado.
Um abraço!