Solucionado (ver solução)
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Uncaught Doctrine\ORM\ORMException: The identifier id is missing for a query

todos os outros comandos funcionaram certinho, porém ao tentar deletar um aluno aparece o seguinte erro. Mesmo eu fazendo o dowload do projeto continua com esse mesmo erro.

Warning: Undefined array key 1 in C:\Users\eliel.lima\Documents\projetos\Doctrine-ORM - Copia\commands\remover-aluno.php on line 11
PHP Warning:  Undefined array key 1 in C:\Users\eliel.lima\Documents\projetos\Doctrine-ORM - Copia\commands\remover-aluno.php on line 11
PHP Fatal error:  Uncaught Doctrine\ORM\ORMException: The identifier id is missing for a query of Alura\Doctrine\Entity\Aluno in C:\Users\eliel.lima\Documents\projetos\Doctrine-ORM - Copia\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM\ORMException.php:310
Stack trace:
#0 C:\Users\eliel.lima\Documents\projetos\Doctrine-ORM - Copia\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM\EntityManager.php(504): Doctrine\ORM\ORMException::missingIdentifierField('Alura\\Doctrine\\...', 'id')
#1 C:\Users\eliel.lima\Documents\projetos\Doctrine-ORM - Copia\commands\remover-aluno.php(12): Doctrine\ORM\EntityManager->getReference('Alura\\Doctrine\\...', Array)
#2 {main}
  thrown in C:\Users\eliel.lima\Documents\projetos\Doctrine-ORM - Copia\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM\ORMException.php on line 310
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solução!

Eliel, mostra o conteúdo desse arquivo e como você está executando, por favor?

Olá!!

não sei o que eu estava fazendo de errado ontem, mas agora que fui tentar de novo eu notei que estava executando direto no php storm, na hora nem me toquei que estava faltando passar o parametro de deletar. Estudar demais da nisso, começa não notar o basico kkkkk, mas obrigado pela disponibilidade, Vinicius.