Pensando um pouco e depois de errar algumas vezes, dessa maneira existe um "if" caso a idade seja maior ou igual a 18. Ou seja, se a idade for menor, não é possível ter CNH, portanto o programa não exibe a segunda pergunta e encerra informando "Você não pode dirigir!". Caso a idade seja maior ou igual a 18 e CNH seja "S", o programa informa que "Você pode dirigir!". E caso a idade seja maior ou igual a 18 e a CNH seja "N", o programa informa "Você não pode dirigir!".
<meta charset="utf-8">
<script>
function wrap() {
document.write("<br>");
}
function print(screen) {
document.write(screen);
wrap()
wrap()
}
var idade = parseInt(prompt ("Qual é a sua idade?"));
if (idade >=18){
var carteira = prompt ("Tem CNH? Responda S ou N");
}
if (idade >= 18 && carteira == "S") {
print("Você pode dirigir!");
} else {
print ("Você não pode dirigir!");
}
</script>