Fala ai Luan, tudo bem? Vamos lá:
quando foi definido que o rodape seria auto , a linha ficaria da altura da palavra rodape correto?
O auto está dizendo que o height (altura) do rodape deve ser de acordo com seu conteúdo, ou seja, o suficiente para mostrá-lo.
? quando foi aplicado a classe destaques e foi retirado 100vh - 50px pq o rodape nao foi preenchido pelo background vermelho?
O 100vh - 50px está dizendo que a altura da seção destaques deve ser do tamanho até o final da página, ou seja, 100vh seria a altura da página, dai para não ter o scroll retiramos a altura do cabecalho que seria 50px.
Uma vez que a página é scrolada o rodape aparece.
Espero ter ajudado.