Olá Danilo, tudo bem?
Desde já peço desculpa pela demora para responder o seu tópico.
Entendo sua dúvida sobre a sintaxe do método isPrototypeOf(). Na verdade, a diferença está na forma como o método é chamado em cada arquivo.
No arquivo new.js, o método é chamado diretamente a partir do objeto user, que é uma instância de User. Isso acontece porque o objeto user já herda as propriedades e métodos do seu protótipo User.prototype, incluindo o método isPrototypeOf(). Por isso, não é necessário mencionar o prototype antes do método.
Já no arquivo User.js, o método é chamado a partir do protótipo User.prototype, que é a classe pai de todas as instâncias de User. Por isso, é necessário mencionar o prototype antes do método.
Espero ter esclarecido sua dúvida! Se ainda tiver alguma pergunta, é só falar.
Bons estudos!
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