Estava tendo erro devido a entrada da resposta ser letra minuscula e no codigo maiscula então usei .toUppercase(); para transformar toda entrada em maiúscula.
function pulaLinha (){
document.write("<br><br>");
}
function mostra (frase){
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var idade = parseInt(prompt("Qual sua idade?"));
var temCarteira = prompt("Tem carteira? Responda S ou N");
var carteira = temCarteira.toUpperCase();
if(idade >= 18 && carteira == "S"){
mostra("Você pode dirigir!");
} else {
mostra("Você não pode dirigir");
}
Espero ajudar alguem com a mesma duvida.