Fala aí Amanda, bom, vamos lá:
Uma vez fiz um framework em SASS, nele, para cada componente eu tenho um arquivo de cores, um exemplo seria os botões:
https://github.com/mahenrique94/stilize/blob/master/sass/helpers/variable/_theme.sass
Depois, dentro dos botões eu faço um for
pegando todos os temas e criando seus estilos:
https://github.com/mahenrique94/stilize/blob/master/sass/object/button/_button_styles.sass
Dessa maneira, o CSS compilado irá ter várias classes (uma para cada tema), depois é possível chamar um botão azul com:
<button class="o-button--lube">Azul</button>
<button class="o-button--der">Vermelho</button>
<button class="o-button--ren">Verde</button>
Dai no banco de dados eu salvava o tema escolhido pelo usuário:
$themes: arky, der, gary, kal, lile, low, lube, neli, pin, range, ren, rup, tie
Sempre era um desses.
Dai no HTML eu recebia o tema do banco de dados e passava na classe dos elementos.
Espero ter ajudado