Achei essa possibilidade
var determinadora = 0;
function trocaBandeira (){
var determinadora = 0;
if (determinadora == 0){
desenhaBandeiraBrasil();
determinadora ++;
} else if (determinadora == 1) {
desenhaBandeiraAlemanha();
determinadora--;
}
}
setInterval(trocaBandeira, 3000);
Depois vendo o código do instrutor entendi que usar um booleano nessa situação seria mais interessante para poder deixar o código mais limpo.