Trocando as Bandeiras de outra forma:

Bem vou compartilhar com vocês a forma que usei para implementar o exercício:

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');

function desenhaBandeiraBrasil(){
    pincel.fillStyle="green";
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    pincel.fillStyle="yellow";
    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(300, 50);
    pincel.lineTo(50, 200);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(50, 200);
    pincel.lineTo(300, 350);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.fillStyle = 'darkblue';
    pincel.beginPath();

    pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2 * Math.PI);
    pincel.fill();

}

function desenhaBandeiraAlemanha(){

    pincel.fillStyle = 'black';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'red';
    pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'yellow';
    pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);

}

var troca = 1;

function trocaBandeira(){

    if(troca <= 1){

        desenhaBandeiraBrasil();

        troca++;

    } else if(troca >= 2){

        desenhaBandeiraAlemanha();

        troca--;

    }

}

setInterval(trocaBandeira, 300);


</script>

Eu só uso o:

var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');

No inicio e da certo, eu não coloco ele sempre que chamo uma função de desenho, talvez esteja fazendo algo errado.

E a troca da bandeira eu consegui pensar assim:

var troca = 1;

function trocaBandeira(){

    if(troca <= 1){

        desenhaBandeiraBrasil();

        troca++;

    } else if(troca >= 2){

        desenhaBandeiraAlemanha();

        troca--;

    }

}

setInterval(trocaBandeira, 300);

Menos elegante mais funcional rsrs.