Oi Felipe,
Nesse caso antes de dar Too many connections você pode conectar no mysql e ir matando as conexões. O comando SHOW PROCESSLIST;
mostra os processsos rodando e depois você pode dar KILL , exemplo:
mysql> SHOW PROCESSLIST;
+-----+------+-----------------+------+---------+------+-------+---------------+
| Id | User | Host | db | Command | Time | State | Info |
+-----+------+-----------------+------+---------+------+-------+----------------+
| 143 | root | localhost:61179 | cds | Query | 0 | init | SHOW PROCESSLIST |
| 192 | root | localhost:53793 | cds | Sleep | 4 | | NULL |
+-----+------+-----------------+------+---------+------+-------+----------------+
2 rows in set (0.00 sec)
mysql> KILL 192;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)