Acrescentei a função de mudar de cor no código e agora parece um pisca-pisca.

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');
    pincel.fillStyle = 'lightgray';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    var cores = ["blue","red","green","black","violet","orange","yellow"];
    var corAtual = 0;

    function desenhaCirculo(x, y, raio) {

        pincel.fillStyle = cores[corAtual];
        pincel.beginPath();
        pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * Math.PI);
        pincel.fill();
    }

    function limpaTela() {

        pincel.clearRect(0, 0, 600, 400);
    }

    function mudaCor() {

        corAtual++;

        if (corAtual >= cores.length) {
            corAtual=0;
        }

    }

    var raio = 4;

    var sentido = 0;

    function atualizaTela() {

        limpaTela();

        if( raio > 40) {
            sentido = -1;
        } else if (raio < 5) {
            mudaCor();
            sentido = 1;
        } 

        desenhaCirculo(300, 200, raio);
        raio = raio + sentido;
    }

    setInterval(atualizaTela, 20);

    </script>