Para que nosso brother Fugêncio saia dessa fria, basta que ele faça o seguinte: Apenas retire o alert do HTML e o h1 do script, lembrando de obedecer a indentação dentro da tag script:
<meta charset="UTF-8">
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>
Desse modo, tudo vai rodar lisinho!