Solucionado
O que acontece é que o alert é impresso na tela e o console dá erro de sintaxe. Dentro da tag script o navegador não entende a tag de html h1, pois a tag script diz ao navegador que tudo que está lá dentro é Javascript. O alert deve ser colocado dentro da tag script e a tag h1 fora do script, de preferência antes do script, pois a tag h1 é de html e de destaque de título.
Olá, Alexandre! Como vai?
Exatamente, Fugêncio confundiu a ordem das tags!
A ordem correta então seria:
<meta charset="UTF-8">
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>Continue praticando.
Bons estudos e até mais!