Fiquei com uma dúvida. Daria problema inserir a parte HTML após o fechamento da JavaScript? O primeiro código é o correto, mas se fizesse da segunda maneira, estaria errado? No teste que fiz ficou bem parecido.
<meta charset="UTF-8">
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>
<meta charset="UTF-8">
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>
<h1>Primeiro programa</h1>