O teste de Wilcoxon pode ser utilizado para teste pareado ou não pareado (independente). O Wilcoxon fez o teste para os dois tipos. Já o Mann-Whitney fez o teste somente para caso de independência entre as medidas. Alguns chamam de Wilcoxon-Mann-Whitney (para dar os créditos a todos).
Outro ponto é que ele não é aplicado a duas medidas e sim que é feita duas mensurações de mesma medida.