Tenho uma dúvida, por que foi alterado o nome do objeto paciente para pacienteAtual dentro do for e como parâmetro na chamada da função dentro deste for? Se eu manter o nome paciente continuará funcionando, correto?

Olá Bruno, a variável paciente foi alterada para pacienteAtual por questão de legibilidade de código, uma vez que, a cada iteração do for é uma nova linha da tabela HTML que esta sendo lida (cada linha um novo paciente). No caso da função calculaImc()você esta passando paciente apenas como parâmetro, dessa maneira não importa qual vai ser o nome da sua variável quando chama-lá, por exemplo:

//código

//nome da variável é -pacientePedro- 
//que será enviada para a função calculaImc

var pacientePedro = {
    nome: tdNome.textContent,
    peso: tdPeso.textContent,
    altura: tdAltura.textContent
};

var imcPedro = calculaImc(pacientePedro);
console.log(imcPedro);
//código