Tema Elementor

Oi Leonardo, tudo bem? Até onde sei, não. O Elementor, como plugin, não pode alterar o código do seu tema diretamente, isso daria muito problema se ele fizesse isso, inclusive relativos a segurança do site.

Ele não sabe como o seu tema funciona. Para esse tipo de comportamento, você teria que escrever a integração do seu tema com as opções de customização do Elementor.

O que é possível é criar um tema diretamente com o Elementor, usando as opções de Theme Builder dele próprio.

No caso para deixar ele com um layout mais bonito só usando programação?

Se você criou o tema do zero, sim. Porém, tem esse outro caso em que você codifica a integração entre seu tema e uma ferramenta auxiliar como o Elementor, ai você pode usar o plugin para customizar várias coisas. Assim na teoria, você poderia codificar o tema uma vez e customizar depois via interface de plugin ou do próprio admin.