Oi Yuri, otima pergunta.
A questão de fazer tudo no index.html ou separar as paginas em arquivos diferentes é na verdade de usabilidade. Ambos os modos são suportados pelo Cordova, mas vc precisa pensar em qual a expectativa do seu usuario com relacao ao uso da App.
Em geral, Apps não causam navegacao entre paginas, não dao aquela sensacao de "reload", que é normal na Web. O mais comum é vc ter uma estrutura padrão e ir mudando o miolo das telas dinamicamente (ate com algum efeito de transicao). E isso nao da pra fazer com simples links HTML em documentos diferentes.
Por isso é muito comum as Apps Cordova serem SPA - Single Page Applications. Que é basicamente ter apenas o index.html e navegar entre as telas usando JavaScript pra carregar/mostrar os novos conteudos.
E ai vc matou a charada, o Angular é um cara bastante usado pra isso. Mas nao so ele, React, Vue.js, Ember etc tbm são boas pedidas.
Se for de Angular, veja o Ionic que é bem legal (tem curso aqui na Alura). Alem do Angular em si ele faz algumas coisas a mais pra integrar com o Cordova alem de ja ter ate componentes visuais prontos caso queira usar.