Oi, João, tudo bem?
O problema na sua aplicação acontece, pois no arquivo HTML, os botões "Limpar tarefas concluídas" e "Limpar todas as tarefas" estão usando o mesmo seletor que é o ID btn-remover-concluidas. Uma possível solução seria alterar o ID do botão que remove todas as tarefas para btn-remover-todas. O código ficaria assim:
<ul class="app__section-task-header__ul">
    <li class="app__section-task-header">
        <button class="app__section-task-header__li__button" id="btn-remover-concluidas">
            <img src="/imagens/check.svg" alt="">
            Limpar tarefas concluídas
        </button>
    </li>
    <li class="app__section-task-header">
        <button class="app__section-task-header__li__button" id="btn-remover-todas">
            <img src="/imagens/trash.svg" alt="">
            Limpar todas as tarefas
        </button>
    </li>
</ul>
Espero ter ajudado. Caso tenha dúvidas, conte com o fórum. Abraços!
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