Só uma sugestão. No método realizarDeposito, quando você realiza um novo depósito, ao invés de incrementar com o valor do saldo já cadastrado, ele está "sobrescrevendo". Ex: Tenho um saldo de 100 reais salvo no banco e realizo um depósito de 150. No banco seria para ficar com 250 reais porém fica com o valor de 150. Ou seja, não está somando com o valor já salvo no banco.
Então minha sugestão é ficar parecido com o método de realizarSaque onde ele subtrai o valor informado do saldo. Ai no caso antes de realizar o update, adicionaria essa linha de código:
var conta = buscarContaPorNumero(numeroDaConta);
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//pega o saldo existente e soma com o novo valor de depósito
BigDecimal novoValor = conta.getSaldo().add(valor);
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Connection conn = connection.recuperarConexao();
new ContaDAO(conn).alterar(conta.getNumero(),novoValor);