Testando o código vi que o menu, quando aberto, fica por baixo do carrossel. No meu caso era só por baixo da paginação, mas caso fosse acrescentar mais um item de menu, ele abriria por baixo das imagens dos livros.
Resolvi utilizando a propriedade z-index com um valor alto.
.checkbox__menu:checked~.lista-menu{
display:block;
z-index: 99;
}
