Ao adicionar um amigo o formulário permite que seja digitado um espaço em branco ao final do nome, como por exemplo, "Adão ", dessa forma poderia ser adicionado também o amigo "Adão" já que este não tem espaço em branco ao final do nome. A validação a ser feita poderia ser a seguinte:
if (amigos.includes(amigo.value.trim())) {
alert('Nome já adicionado!');
return;
}
A função trim() remove espaços em branco do início e do final de uma string, para que você possa comparar o nome sem espaços em branco extras. Dessa forma, nomes como "Adão" e "Adao " serão tratados como iguais, e o alerta será exibido apenas se o nome já estiver na lista de amigos.