No video "Gravando esquerda e direita pelo PDI" da aula 02 do curso Transformação com ETL: Pentaho Data Integration o instrutor sugere que façamos a chamada da stored procedure no mesmo step que criamos as tabelas auxiliares.
Porém eu descobri um step mais "apropriado", chamado Call DB Procedure, que fica na pasta Lookup do Spoon. Nele você basicamente fala o nome da stored procedure, e ele a executa.
Este step também retorna dados, para você poder usar o resultado da SP, então para não dar erro basta deixar o parâmetro 'Result name' vazio.