Olá pessoal, escrevi um pouco diferente da solução proposta onde os campos são limpos após a mensagem de alerta. Fiz alguns testes e acho que acaba ocorrendo tudo certo.
if ( de >= ate) {
alert ('Atenção! O campo "Até o número" deve ter um valor maior que o campo "Do número". Selecione novamente!');
document.getElementById ('quantidade').value = '';
document.getElementById ('de').value = '';
document.getElementById ('ate').value = '';
return
}