Na aula com o professor Bruno, Arte para jogos digitais ele diz que os sofwares mais usados para Pixel Art é o Photoshop e apresenta o Krita com o alternativa. Mas na realidade hoje no mercado o software mais usado, de indie a grandes produções é o Aseprite. Que é um software pago, mas muito mais barato que o Photoshop (R$ 37,99 na Steam) e tem ferramentas que otimizam muito o trabalho de animação e criação de tiles, por exemplo. É que eu uso faz alguns anos e recomendo par quem quer entrar no mercado. O Photoshop não é ruim, ele atende muito bem e é mais flexivel caso vocês queira ir além da pixel arte, mas também é absurdamente mais caro.
Seria bom se tivesse um curso voltado para o Aseprite aqui na Alura, fica a dica.