Aqui eu verifico a quantidade de campos vazios :
db.Contas.countDocuments({
$or:[{valor:""}, {valor:null}, {valor:{$exists:false}}]})
Em seguida e identifico o Id desses campos:
db.Contas.find({
$or:[{valor:""}, {valor:null}, {valor:{$exists:false}}]},
{_id:1})
por fim, faço a substituição:
db.Contas.updateMany(
{_id:{$in:[120,154,211]}}, {$set:{valor:0.0}})
peguei esse último método em uma sugestão deste mesmo fórum.
Oi, Felipe! Como vai?
Agradeço por compartilhar seu código com a comunidade Alura.
Você estruturou bem a verificação dos campos vazios e depois aplicou a correção com updateMany(inclusive, legal que você encontrou essa sugestão aqui no fórum). Sua sequência de passos mostra um bom raciocínio investigativo antes de modificar os dados, o que é uma prática muito importante ao trabalhar com MongoDB.
Continue assim! ✨
Uma dica interessante para o futuro é consultar a documentação oficial do operador $exists, que ajuda bastante em cenarios como o seu. Abaixo deixo o link.
Qualquer dúvida que surgir, compartilhe no fórum. Abraços e bons estudos!
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Para saber mais: 
DOCUMENTAÇÃO