A função reiniciar() não está sendo chamada após a exibição do alert.
Para que os campos sejam limpos imediatamente após a exibição do valor total, é necessário chamar a função reiniciar:
alert(`Valor total: ${total} `);
reiniciar();
também é necessário ajustar a função reiniciar(), pois as variáveis quantidade e valor foram declaradas dentro da função calcular().
Como a função reiniciar() é uma função distinta, só poderíamos aproveitar a variável caso ela tivesse sido declarada globalmente, sem o uso do parseInt e parseFloat. Sendo assim, é necessário modificar a função reiniciar() para o seguinte código:
function reiniciar() {
document.getElementById('quantidade').value = '';
document.getElementById('valor').value = '';
}