Olá, essa proteção eu havia colocado junto com a primeira proteção que poderia ocorrer com "de" e "ate"
segue abaixo minha sugestão e fico a disposição para criticas.
function sortear()
{
let quantidade = document.getElementById('quantidade').value;
let de = parseInt(document.getElementById('de').value);
let ate = parseInt(document.getElementById('ate').value);
let totalNumero = (ate - de) + 1;
if (de >= ate){
reiniciarBotao();
alert('O valor "Do número" precisa ser menor que "Até o número". Verifique!');
return;
} else if (totalNumero < quantidade) {
reiniciarBotao();
alert('A "quantidade de números" precisa ser menor ou igual ao intervalo dos números escolhidos. Verifique!');
return;
}
//código omitido...