Creio que houve um pequeno equívoco na construção do bloco if com o operador NOT No caso das faltas elas deveriam ser menores que 2 e não maiores, a construção lógico so logrou êxito, por que a variável faltas estava igual a 02, mas caso o valor fosse 10 faltas, ainda sim o aluno obteria o bônus descrito!!
Obs: Essa estrutura só está no vídeo, na transcrição está correta!!
if (faltas >=2 && !advertencias)
console.log('recebeu bônus');
} else {
console.log('não recebeu bônus');
}