Para quem decidiu executar o comando de migração em outra pasta que não a raiz do projeto, terá que especificar o caminho do arquivo de configuração migrations.php na propriedade "--configuration" e o de configuração do banco na propriedade "--db-configuration". Como no exemplo:
php vendor/bin/doctrine-migrations migration:migrate --configuration "caminho/do/migrations.php" --db-configuration "caminho/do/db-configuration.php"
A mesma ideia vale para outros comandos, como o que gera classes de migração:
php vendor/bin/doctrine-migrations migration:generate --configuration "caminho/do/migrations.php" --db-configuration "caminho/do/db-configuration.php"
Lembrando que ambos os arquivos de configuração de migração e de configuração do banco podem não estar diretamete na raiz, mas devem estar dentro do projeto.
Espero ter ajudado!
