Eu estava com dificuldades porque na parte do .includes ele retornava a mensagem apenas depois de digitar o mesmo nome duas vezes. Verifiquei que o primeiro nome vinha sem espaçamento, e os nomes adicionais vinham com a virgula, um espaço e depois o nome. Então usei o método trim para ignorar os espaços e deu certo. E tambem fiz um pouco diferente essa função. E também fiz um teste para ver se a função de embaralhar embaralhava numeros tambem e funciona hehehehe.
let listaAmigos = [ ];
function adicionar(){
let amigo = document.getElementById("nome-amigo").value;
let amigos = amigo.trim();
if ( amigos == " " ){
alert (' favor adicionar um amigo');
return; } // retorna a continuidade da função
if ( listaAmigos.includes(amigos)){
alert (' Este nome já foi incluido');
return; } // retorna a continuidade da função
listaAmigos.push(amigos);
console.log(listaAmigos);
//aqui se demarca o separador
document.getElementById("lista-amigos").innerHTML = listaAmigos.join('-');
document.getElementById("nome-amigo").value = ' ';
}