não sei se é a mais adequada, mas parece que corresponde com o objetivo do exercício:
Solução
(Caused[\s+]?by[\s+]?:[\s+\w.]*:)[\s+]?([\s+\w]*)Resultado no console:
Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: Communications link failure ||| Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: ||| Communications link failure