Eu fiz isso também, e é comum na hora que você estiver escrevendo os códigos, pois fica mais fácil caso queira fazer uma mudança, é só mudar lá no arquivo .css do cabeçalho e footer que já muda em todas as páginas, porém sempre tem um revés. Seu site vai ficar um pouco mais lento, pois ele tem que buscar e carregar mais arquivos, mas em um projeto pequeno não da muita diferença.

A sugestão que eu recebi quando tive esta dúvida foi: Na hora que estiver construindo, você pode fazer um arquivo só para cabeçalho e footer, para facilitar, e quando for colocar em produção, copiar e colar este css do cabeçalho para o arquivo css onde tem as outras estilizações, e portanto, ficar com apenas 1 arquivo.