Olá Marcelo!
Obrigado por compartilhar sua sugestão conosco.
Realmente, o parâmetro --flush-session do sqlmap é utilizado para limpar o cache do sqlmap e forçar a nova detecção de vulnerabilidades na aplicação. Isso é importante porque, como você mencionou, mesmo após a alteração da aplicação para usar EntityManager, o resultado do sqlmap em tela era o mesmo de antes.
O EntityManager é uma interface do JPA (Java Persistence API) que permite o gerenciamento de entidades em um contexto de persistência. Ele é utilizado para realizar operações de CRUD (Criar, Ler, Atualizar e Deletar) em bancos de dados relacionais. É importante destacar que o EntityManager não é uma solução completa para a segurança da aplicação, mas sim uma ferramenta para gerenciamento de entidades.
Para garantir a segurança da aplicação, é necessário adotar outras práticas, como validação de entrada de dados, sanitização de entrada de dados, uso de prepared statements, entre outras. É importante lembrar que a segurança da aplicação é um processo contínuo e que deve ser revisado constantemente.
Espero ter ajudado e bons estudos!