Oi, Ana, tudo bem?
De fato, o documento.write
e alguns outros códigos que o instrutor utiliza não fazem parte das melhores práticas do HTML, se pensarmos no cenário do mundo real. Mesmo assim o instrutor adota algumas soluções que vão facilitar no aprendizado, pois o foco principal do curso é Lógica de Programação e JavaScript, e não ainda o desenvolvimento de uma aplicação web completa.
Infelizmente, adotar boas práticas no HTML envolveria muitos outros fatores que fugiriam do escopo do curso. Por exemplo, para inserir texto na tela e interagir com elementos da forma que normalmente é feito no mundo real, a complexidade do curso aumentaria bastante para quem está iniciando em programação.
Então, uma vez que o foco é praticar lógica de programação, utilizar essas recursos em um primeiro momento não tem problema. O ambiente de desenvolvimento real no HTML envolve muitos outros fatores que a pessoa pode estudar posteriormente, nos curso de Front-end, começando por esse: https://cursos.alura.com.br/course/html5-css3-primeiros-passos
Espero ter ajudado! Abraços e bons estudos :)