Dentro do if a vareavel senha esta sendo comparada a vareavel senhaDoSistema, para fazer o melhor debug segue um modelo de codigo que esta sendo usando o console.log para mostrar qual senha foi digitada pelo usuario, e mostrando se ele acertou ou errou.
Segue um exemplo:
let senhaDoSistema = "senhaTeste!";
let senha = prompt("Digite a senha do sistema:");
if (senhaDoSistema === senha){
alert("Acesso ao sistema garantido");
console.log(A senha ${senhaDoSistema}, esta correta!);
}else{
alert('Senha Incorreta!');
console.log(A senha digitada ${senha} esta incorreta!);
}