O meu arquivo já veio com o cpf ajustado. Realizei a seguinte alteração e coloquei o cpf no formato original, ou seja, sem "." e "-".
Antes de atualizar os dados, fiz um SELECT para testar e não comprometer os dados.
SELECT cpf,
REPLACE(REPLACE(REPLACE(cpf, '.', ''), '-', ''), ' ', '') AS cpf_limpo
FROM clientes;
Depois que verifiquei que ia funcionar, fiz a atualização com os seguintes comandos.
-- Desativar o modo seguro
SET SQL_SAFE_UPDATES = 0;
-- Executar a atualização
UPDATE clientes
SET cpf = REPLACE(REPLACE(REPLACE(cpf, '.', ''), '-', ''), ' ', '');
-- Reativar o modo seguro (opcional)
SET SQL_SAFE_UPDATES = 1;
Depois segui a aula normalmente.