encomendas = input("Digite os números das encomendas separados por vírgula: ").split(',')
try:
    for encomenda in encomendas:
        print(int(encomenda))
except ValueError:
    print("Uma das entradas não é um número válido.")
No caso de passar como entrada ex: 123,abc,564,abc. O código irá lidar com a primeira exceção e não irá prosseguir. Acredito que a ideia seja tratar os erros para cada iteração da seguinte forma:
encomendas = input("Digite os números das encomendas separados por vírgula: ").split(',')
for encomenda in encomendas:
    try:
        print(int(encomenda))
    except ValueError:
        print(f"A encomenda '{encomenda}' não é um número válido.")
ou estaria enganado? (Fiz essa ponderação usando a luri enquanto revisava)
 
            