[Sugestão] A pergunta tem um erro

A pergunta diz: " deseja contar quantas respostas válidas foram dadas por cada funcionário para cada pergunta", a formula proposta retorna uma outra resposta, ela responde o total de respostas válidas no total, se realmente queremos responder quantas respostas são validas por cada funcionário para cada pergunta precisariamos sim utilizar o conte.valores, mas fazer isso para cada funcionário.

Correção, isso seria a resposta válida para a seguinte afirmação: "quantas respostas válidas foram dadas por cada funcionário";
Se realmente quiséssemos responder a pergunta o total, ou seja "quantas respostas válidas foram dadas por cada funcionário para cada pergunta", teríamos que ter a seguinte situação João respondeu mais de uma vez a questão 1, 'n' vezes foram válidas e 'n' vezes inválidas, e a partir desses dados se teria assim o número de respostas validas e repetir esse processo para cada questão e por cada funcionário.

Recomendaria que trocasse esse trecho: " deseja contar quantas respostas válidas foram dadas por cada funcionário para cada pergunta", e deixasse apenas a questão a respeito de quantas no total foram válidas.