<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2 ) { // o erro está aqui. Foi usado uma atribuição (=) de vez a igualdade (==) para fazer a comparação.
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}
</script>